Enkoder magnetyczny zawiera głównie magnes i płytkę drukowaną, które mogą odczytywać bieguny magnesu N i S. I wtedy części wykrywające mogą przekazywać informacje o położeniu obrotowym w postaci wyjścia sygnału. Enkoder magnetyczny ma zalety przeciwwstrząsowe, niezawodne działanie, prostą konstrukcję. Przyrostowy koder magnetyczny jest tańszy niż koder optyczny. Rozdzielczość enkodera optycznego zależy od linii na szklanym dysku. Im większy dysk, tym więcej linii, wyższa rozdzielczość. Magnetyczny enkoder inkrementalny może mieć wysoką rozdzielczość i mały rozmiar.